$ cat file.md
Prawo Murphy'ego – "Jeśli coś może się nie udać,
na pewno się nie uda."
$ perl -0pe 's/"([^"]+)"/„$1”/g' file.md
Prawo Murphy'ego – „Jeśli coś może się nie udać,
na pewno się nie uda.”

More information

-0
oddzielenie wierszy znakiem NULL
-0777
wczytanie całego pliku

Refs